《山东农业大学学报》(自然科学版)创办于1955年。该刊为农业综合性学术刊物，国内外公开发行，主要登载：农学、园艺、植保、畜牧、兽医、林学、土化、食品科学、农业工程及生物技术等方面的最新研究结果、学术论文、研究简报、实验技术、文献综述等。读者对象：为农林科研院所、大专院校师生及农林科技人员。该刊为中文N/T类核心期刊，被国内外多家检索机构及文摘数据库列为来源期刊及统计源，其中包括：美国的《SCI》、《中国科学引文数据库》、《中国学术期刊综合评价数据库》、《中国农业科技文献数据库》、《中国生物学文献数据库》、《中国林业科技文献数据库》、《中国农业文摘》、《中国生物学文摘》、《中国林业文摘》等。美国国家农业图书馆、德国农业图书馆等20多个国外农业文献或研究机构均征订或收藏本刊。该刊发表的研究成果及论文能迅速传播并及时为国内外同行专家引用。1992年，该刊被国家科委、中宣部、新闻出版署评为全国优秀科技期刊；1992、1995年两次获农业部全国高等农业院校优秀学报一等奖；1995年获全国高校自然科学学报二等奖；1996年被评为山东省优秀科技期刊；1997年被评为华东地区优秀期刊；1999年被评为泰安市十佳期刊；并于1996年加入《中国学术期刊（光盘版）》；1998年被中国科学引文数据库列为被引频次最高的中国科技期刊500家之一；1999年加入“中国期刊网”，同年加入“万方数据化资源系统数字化期刊群”。 《山东农业大学学报》(自然科学版)获首届全国优秀科技期刊；全国中文N/T类核心期刊；中国期刊方阵“双效”期刊；连续多年获泰安市优秀期刊。
《山东农业大学学报》（社会科学版）（季刊）创刊于1999年，是由山东农业大学主办。 《山东农业大学学报》（社会科学版）是一本反映高校科研、教学成果，探索我国改革开放和现代化建设中理论经和实践问题的学术性理论刊物。